É sempre uma decisão pessoal.
Deves deixar montado aquilo que gostas ou que te diz alguma coisa ou tem siginificado (e isto se tiveres espaço para os ter montados, um luxo que nem todos se pode gabar).
Há quem também não desmonte por valor comercial ou porque as peças já estão envelhecidas e não vale a pena misturar com as mais novas, são quase relíquias...
Quanto a sets repetidos... às vezes compram-se dois para fazer um comboio mais longo, por exemplo, outras vezes porque as peças são apelativas e queremos para o nosso stock... mas há quem tenha como principio básico comprar sets, montar (ou nem isso), desmontar e separar as peças para construir MOCs. Ou simplesmente comprar peças avulso conforme necessidade.
Há também linhas da LEGO que, por norma, não se compram para peças como é o caso do tema Architecture, mas mais para exposição...
É uma questão de gosto, necessidade, posicionamento no hobby e os teus objectivos, mas uma coisa é certa... uma vez que tenhas o sets e o desmontes podes sempre voltar a montá-lo porque as peças existem e estão contigo.